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西迈科技(Siemyx)的生物信息学部门致力于为用户提供完整先进的生物信息学解决方案。 我们拥有一批在生物信息学领域经验丰富的技术专家,为生物技术、医药、农业科学企业以及大学、科研单位服务,加速其研发速度,减少研发费用。
生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学(Genomics)和蛋白学(Proteomics)两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。
目前,我们提供的生物信息学服务包括以下一些内容:
数据库构建与软件开发
1) 基于oracle, SQLServer, MySQL的生物数据库开发,并提供文本格式、Blast格式的数据库,同时在用户需要的情况下提供基于J2EE、Web的数据库系统。 提供特定的数据整合,如特定疾病的相关基因生物信息数据整合,与Pathway相关的数据整合。
2) 可以按照实验室的要求,实现特定的算法实现, 并可以提供基于B/S及C/S网络架构的实验室管理信息系统(LIMS)
3) 生物医学相关数据的统计分析及软件开发
蛋白质相互作用分析
1) 利用数据库搜索(DIP,BIND数据库)提供某特定蛋白相关的相互作用蛋白,进而做出相互作用图谱。
2) 利用统计算法(如MLE、SVM、NN 等)进行相互作用预测
3) 利用我们自己开发的In Silico Two-hybrid System进行预测
4) 利用我们自己开发的SmartTextMining自动文本搜索软件进行特定蛋白的相互作用分析。
基因组的生物信息学分析
1) 两条或多条序列的局部比对、全局比对
2) 查找多条序列中的保守序列
3) EST的基因组定位
4) 密码子统计、序列分子量、等电点等理化性质分析
5) 查找CpG岛、短重复序列、开放阅读框、转录因子等
6) 基因预测、启动子分析
7) RNA二级结构预测
8) EST拼接、Contig拼接
9) RNA干扰及反义核酸序列的设计
10) Promoter预测
蛋白质相关的信息分析
1) 蛋白质亲/疏水性、等电点、抗原性分析及跨膜蛋白,信号肽等性质分析和相似性分析
2) 蛋白二级结构预测
3) 核酸结合位点预测与搜索,蛋白跨膜位点预测
4) 蛋白组成、分子量、等电点、亲水疏水等理化性质分析
5) 蛋白抗原区域分析,蛋白酶切位点分析
6) 蛋白Motif搜索
引物/探针设计
1) 核酸引物、PCR引物、测序引物及杂交探针的设计与评价
2) 用于细菌种属分类的杂交探针设计
3) 用于SNP检测的探针设计
4) 探针的非特异性分析
计算机辅助药物设计
1) 进行2D-QSAR及3D-QSAR分析
2) 进行分子动力学模拟
3) 基于受体结构的对接、从头药物设计
4) 基于药效团的药物设计
5) 虚拟筛选,组合库设计
微阵列数据分析
1) 对基因芯片的表达谱数据进行预处理与归一化分析
2) 使用多种统计方法筛选具有显著性差异表达的基因
3) 对差异表达基因数据进行多种聚类分析,并给出树状图
4) 结合基因分类(gene ontology)、信号转导数据库(KEGG),进行相关路径分析、差异表达基因的功能分类、所属信号通路分类等 |
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